Det som skulle bli Blå Kors Krise- og incestsenteret i Fredrikstad ble startet i 1979 av Blå Kors Kvinneutvalg i Østfold i samarbeid med Stiftelsen Blå Kors Fredrikstad. Senteret har i 40 år arbeidet med å gi et tilbud for personer utsatt for vold og trusler i nære relasjoner.
I 1992 utvidet senteret til også å være et tilbud til voksne kvinner og menn som hadde vært utsatt for incest og seksuelle overgrep i barne-/ungdomsår. Virksomheten fikk navnet Krise- og incestsenteret i Fredrikstad i 2002 når den flyttet til nye lokaler i Sandveien.
Krise- og incestsenteret finnes også nå i Halden.